A história começa como o Monte. Coronet, chamado como um portal para o "Distortion World" está aberta devido a que o clima da região de Sinnoh tornou-se mais frio. Todos os treinadores Pokemon foram dadas vestidos novos para ir bem com o clima mais frio e Sinnoh se tem uma atualização estética com essa mudança climática. 60 tipos de Pokemon mais pode ser capturado na Dex Sinnon, que altera a massa Pokemon selvagem e escalas de treinador ao longo da Sinnoh. Além disso, o Pokemon "Shaymin" tem uma forma diferente como novo chamado "Sky Forme", que é uma forma dual incluindo Grass eo tipo de vôo. Esse Shaymin Pokemon é novamente transformado em seu original Land Forme quando negociadas a Platinum ou Diamond ou Pearl . Usando um "Gracidea Flower", que pode ser revertido para o seu Sky Forme de Land Forme e vice-versa. forma fechada mas pode ser desbloqueado por uma chave secreta acessível através de uma função Mystery Gift, através da ligação Wi-Fi. Além disso, a Battle Frontier é incluído novamente com cinco cérebros mais nova fronteira. Para reproduzir aleatoriamente e interagindo com outros jogadores, uma área nova praça Wi-Fi também foi introduzida.
Tal como o Pokemon Shaymin, Rotom Pokemon tem 5 novas formas exclusivas que estão em
senha: hdjfdtyjsrtghrst
